Αρμοδιότητες του Τμήματός είναι:

1. Η έγκριση Μελετών Περιβαλλοντικών Επιπτώσεων και η Έκδοση Απόφασης Περιβαλλοντικών Όρων.

2. Ο έλεγχος τήρησης περιβαλλοντικών όρων για έργα και δραστηριότητες σύμφωνα με την ισχύουσα νομοθεσία.

3. Η παραλαβή αιτήσεων για νέες άδειες χρήσης νερού, ανανέωσης αδειών, τροποποιήσεις αδειών, αδειών υφισταμένων δικαιωμάτων χρήσης νερού και άδειες εκτέλεσης έργων αξιοποίησης υδατικών πόρων, ο διοικητικός έλεγχος αυτών, ο έλεγχος τήρησης κανονιστικών αποφάσεων, η διενέργεια επιτόπιου ελέγχου καθώς και η εισήγηση σχετικά με τη χορήγηση ή μη της άδειας στη Δ/νση Υδάτων της Αποκεντρωμένης Διοίκησης.

4. Ο έλεγχος ενεργειών που υποβαθμίζουν τα ύδατα ή παραβιάζουν τις σχετικές διατάξεις της νομοθεσίας για τα ύδατα.